Иван Грозный қайтыс болғаннан кейінгі «азаматсыз» уақытта ауру және әлсіз Федормен боярлар билік үшін ашық күресті бастады. Олардың ең мықтысы бұрынғы опричник Годунов болды. Теодор қайтыс болғаннан кейін Патриарх Әйүп жаңа егеменді сайлау үшін Земский Соборды жинады. Бұл соборға Патриарх Кеңесі, Бояр Думасы және қызметшілер мен Мәскеудің сауда және өнеркәсіптік тұрғындарының өкілдері жиналды. Ең ықтимал кандидаттар екі адам болды: патшаның қайын інісі Борис Федорович Годунов және Федор патшаның немере ағасы, Никита Романовичтің үлкен ұлы Федор Никитич Романов.
Борис Годунов басқарған жылдар Ресей мемлекеті тарихындағы қиын кезеңге келді. Бұл 1598-1605 жылдар аралығы. Шындығында, болашақ патша билік басында Иван Грозныйдың ауру ұлы Федордың қол астында болды.
Борис Годуновтың билігі түсініксіз басталды. 1598 жылы ақпанда Кеңес Бориске тағын ұсынды, бірақ ол бас тартты. Оның келісуі үшін Борис әпкесімен бірге тұрған Қыз монастырына діни шеру ұйымдастырылды. Болашақ патша таққа отыруға келісім беруге мәжбүр болды. Осылайша, Годуновтың сайлауы көпшіліктің көңілінен шықты. Дегенмен, сонымен біргеол осы мақсатқа жету үшін жасырын түрде қорқыту мен парақорлыққа барды деп есептелді.
Борис патшалыққа 1 қыркүйекте ғана үйленіп, халық сайлауының күштілігіне көз жеткізді. Борис Годуновтың билігі бүкіл ұзақтығында аса сақтықпен ерекшеленді. Ол өз билігіне жасалған әрекеттерден қорқып, оған күмәнданатын барлық боярларды жойды. Оның нағыз қарсыласы тек Федор Никитич Романов болды, нәтижесінде барлық Романовтар егеменге қарсы қастандық жасады деген айыппен сотталды. Боярлар патшаны ұнатпады, оны дворяндарды қудалауымен Грозныйдың мұрагері санады.
Борис Годуновтың билігі Федор саясатының жалғасы болды, дәлірек айтсақ, Годуновтың оның тұсында істегені. Ол Грозный дәуірінде бұзылған халықтың әл-ауқатын қалпына келтіруге тырысты. Сыртқы саясатта қақтығыстарды болдырмауға, жаңа соғыстардан аулақ болуға ұмтылды. Әділдіктің нығаюын ойлады, халқына жақсы егемен болғысы келді. Ол шынында да қарапайым халыққа көп жеңілдіктер жасады. Үш жыл қатарынан, 1601 жылдан бастап, жаппай аштық өліміне әкеліп соқтырған егіннің жетіспеушілігі болды. Борис патша қазынасынан аш адамдарға тегін нан таратуды ұйымдастырды, елордада халыққа табыс әкелу үшін үлкен құрылыстар салды.
Борис Годуновтың билігі аштықпен, тонаумен қатар жүрді, бірақ бұл оның кінәсі емес еді. Алайда бұл патшаға наразылықтың өсуіне ықпал етті. Ашаршылық екінші бақытсыздыққа ұласты - өзін-өзі жариялаған Царевич Дмитрий үшін халық көтерілісі. Бұл күрес кезінде БорисГодунов күтпеген жерден қайтыс болды (1605).
Годунов еуропалық білім беруге үлкен мән берді. Патша технология және медицина саласындағы шетелдік мамандармен араласып, оларды мемлекеттік қызметке ықыласпен қабылдады. Ол жастарды шет елдерге жіберді, Мәскеу мектептерін шетелдік жолмен ұйымдастыруды жоспарлады. Шетелдік үлгі бойынша немістердің әскери отрядын құрады. Годуновтың тұсында Мәскеу үкіметі ағартушы Батыспен тығыз қарым-қатынас орнатуға және еуропалық білімдерді игеруге ұмтылды.
Сонымен Борис Годуновтың билігі туралы тарихшылардың көпшілігі қысқаша сипаттайды. Көпшілік оның билікке қалай заңды түрде қол жеткізгеніне күмәнданады, өйткені оның қолымен жасалған жұмысы Угличте Грозныйдың кенже ұлы Дмитрий Царевичті өлтіру болды деп есептейді.
