Отызыншы жылдары сталиндік басшылық Қызыл Армияның қолбасшылық құрамын жаппай тазарту жұмыстарын жүргізді. Бұл кезең туралы көп жазылды, партия жетекшілері мен әскери жетекшілерге қарсы қуғын-сүргін тіпті ұзақ уақыт бойы соғыстың бастапқы кезеңіндегі жеңілістердің сериясының негізгі себебі болып саналды.
Генерал Горбатов 1938 жылдың қазанынан 1941 жылдың наурызына дейін екі жарым жылға жуық лагерьде болды. Тұтқындауға досын сатқындық жасады деп айыптаған НКВД тергеушілерімен дау-дамайда көрсеткен батылдығы себеп болған. Бригада командирі, 6-шы атты әскер корпусы командирінің орынбасары барлық үкіметтік наградаларынан айырылып, түрме иерархиясындағы қылмыскерлерден төмен деңгейде тұрған ГУЛАГ-тың құқығынан айырылған құлына айналды. Ұрылар мен қанішерлер құрметті орденшіге ол қорғауға шақырылған мемлекеттің оған қалай қарағанын еске салуды ұмытпай келекеледі.
Оны атып тастауы мүмкін еді, бірақ неге екені белгісіз. Шамасы, ең батыл, дарынды командирлер запаста қалды. Олар оны азап шегуге мәжбүр етті, бірақ Рокоссовскийді өлтірмеді. Генерал Горбатов та бір жұтым алды.
Ол аман қалды, жәнесоғыстың алдында ғана босатылып, орнына қайта оралды. Ауыр сынақтардың уақыты жақындап қалды. 1941 жылы маусымда сауатты да батыл командирлердің бағасы хабаршылар мен лайктардан жоғары болып шықты.
Генерал Горбатов өзінің ең жақсы адами қасиеттерін сақтап қалды, Колыма оны сындырмады. Қатардағы жауынгерден бастап, жауынгерлік жолдың барлық белестерін бастан өткерген ол сарбазды бағалап, жерлеуді барынша аз жіберуге тырысатын. Оңай емес еді, жиі ұрысып тұруға тура келді. Билікке қарсылық қалай аяқталатынын командир тым жақсы білді.
Солтүстік Донецтегі ұрыс кезінде осы даулардың бірі қызметінен шеттетуге әкелді. Мағынасыз бұйрықты орындаудан бас тарту одан да қайғылы салдарға әкелуі мүмкін еді, бірақ Курск шайқасы басталып, генерал Горбатов қайтадан қажет болды.
Бастаманы қолға алып, жауапкершілікті өз мойнына алуға келгенде бұл командир тайсалмады. Оның шешімдері дұрыс болды, ол басшылардың қаһарынан қорықпай, батыл әрекет етті.
1944 жылы тыл еңбеккерлерінің, Донецк кеншілерінің делегациясы белсенді армияға барды. Олар қолбасшылыққа азат етілген аумақтарда туындаған қиындықтарды, толыққанды көмір өндіруге ағаш материалдарының жетіспеушілігінен кедергі болғанын айтты. Генерал Александр Горбатов Польшадан тылға иесіз бөренелер пойызын жіберуге бұйрық берді. Бұл әрекеттің салдары ең қайғылы болуы мүмкін, бірақ содан кейін И. В. Сталиннің өзі шешуші қолбасшыны жақтады. Тергеу нәтижесін анықтап, істі жауып тастадыбұл: "Бөкер қабір түзетеді…"
Осы тамаша қолбасшының қол астында қызмет еткен адамдарға оның турашылдығы мен адалдығы жұқтырды. Лагерь жұмысы кезінде жарақат алған омыртқасын емдеу үшін генералға тағайындалған қарт медицина қызметкері 3-армия командирінің барлық әңгімелері туралы баяндауға міндетті екенін мойындады. Жоғарғы Бас қолбасшының өзімен жағымсыз түсініктеме болды, содан кейін тым құлшыныстағы арнайы офицер, ақпарат берушілерді шақырушы алдыңғы шепке кетті.
1945 жылы сәуірде генерал Горбатов өз әскерін Берлинге дейін басқарды. Оның «Жылдар мен соғыстар. Қолбасшының жазбалары», соғыстан кейін жазылған. Өмір қиын болды, бірақ орыс солдатының тағдырындай адал болды.
